Özbekistan, eski SSCB’de de İslami bir merkez olarak önemli bir konuma sahipti. Nitekim, Buhara’daki Mir-Arap ve Taşkent’teki İsmail El-Buhari olmak üzere iki ünlü medrese de burada bulunmaktaydı. Orta Asya ve Kafkasya Müftüsü Taşkent’te idi. Dergi yayınlama, konferanslar verme gibi bir çok faaliyetler yine buradan yapılıyordu.SSCB devrinde, İslam aleyhinde çok güçlü bir propaganda yürütülmüştür. 1948 ve 1976 yılları arasında en azından 177 anti-İslami kitap Özbekistan’da yayınlanmıştır. Yine 1935’te 66 bin ve 1959’da 146 bin 500 anti-İslami konferanslar gerçekleştirilmiştir. Hatta Özbek Komünist Parti Sekreteri Osman Hocayev 1987’deki bir konferansta dinin milliyetçilik ve şovenizmin yollarını açtığını söylemekteydi.
Bugün Özbek gençlerinin %55’i İslami prensiplere dayanan, atadan kalma (ataerkil) örf ve adetlerin aile de sosyal hayat biçiminde ilk sırada olması gerektiğine inanmaktadır. İslam’ın Özbekistan’da geliştiği ve güçlendiği hususunda hiç bir kimsenin şüphesi yoktur.
Bununla beraber, İslam geleneği SSCB sonrası diğer Orta Asya ülkelerine kıyasla Özbekistan ve Tacikistan’da daha belirgin bir şekilde ortaya çıkmıştır. Taşkent ve Buhara, Özbekistan’da İslam’ın merkezini oluşturmaktalar. Buhara, İslam dünyası içinde Mekke ve Medine’den sonra üçüncü kutsal şehirdir. Bu nedenle bugün Özbekistan’da din idaresinin başlıca eğitim ve yönetim merkezleri Taşkent ve Buhara’da yoğunlaşmıştır.
Özbekistan’da ve genel olarak Orta Asya’da Sovyet döneminde iki tür İslam ortaya çıkmıştır. Bunlardan ilki, “konformist” nitelikte olup devlet desteğiyle yaratılmıştır. İkincisi ise bağımsız ve muhalif nitelik taşımaktadır.
Devlet destekli İslam müftülük kurumuyla oluşturulmuştur. Sovyetlerin ilk yıllarında İslam üzerinde aşırı baskı uygulanmaya başlamıştı. Fakat, İslam tamamen ortadan kaldırılamamış, devlet idaresi altına alınmaya çalışılmıştır. Bunun için Stalin döneminde Müslüman nüfusun yoğun olduğu dört bölgede müftülük kurulmuştur. Kruşçev döneminde ise, İslam’a karşı yeni bir saldırı başlatılarak, camilerin %25 kapatılmasına rağmen müftülük kurumuna dokunulmamıştır. Çünkü, Kruşçev’in üçüncü dünya ülkeleriyle yakınlığını koruyabilmesi için, “Müslüman bir vitrine” ihtiyacı vardı.
İkinci, bağımsız ya da paralel İslam ise, hem baskı hem de bu baskının kırsal kesimlerde etkili olamamasından kaynaklanmıştır. Tüm köy camilerinin kapatılmasına karşın halk arasında dinin etkisi fazla azalmamıştır. Büyük medreselerde eğitim görmemiş olan köy mollaları kolhozlarda tamirci, traktörcü olarak gözüküyor, ama gerçekte mollalık yapıyorlardı.
Çocukların hepsi sünnet ediliyor ve okula başlamadan önce mollalara gönderilerek temel din eğitimi almaları sağlanıyordu. Orta Asya’da 1989’dan itibaren İslam’ın radikalleşmesi, sözkonusu paralel İslami kesim arasında olmuştur.
